Ioanna Rapti a été formée en archéologie et histoire de l'art en Grèce et s'est spécialisée dans l'art arménien en France.

Ses recherches privilégient les régions de mixité religieuse et culturelle et les phénomènes artistiques qui s'y produisent renouvelant les traditions.

Elle a co-dirigé avec Jannic Durand et Dorota Giovannoni les catalogues des expositions du musée du Louvre Armenia Sacra (2007) et Sainte-Russie (2010) et participé à plusieurs catalogues d'expositions.

Elle est aussi secrétaire de rédaction de la revue Cahiers archéologiques.