
Microscopie et analyse d'image : logiciels gratuits et outils IA
Cette formation s'adresse à tous ceux qui ont besoin de se former aux nouvelles techniques de microscopie et d’IA appliquées à l’analyse d’image.
Objectifs généraux de la formation
- Donner les bases en microscopie et les applications en fonction des échantillons utilisés
- Donner les bases d’analyse d’images avec les logiciels gratuits et ouverts jusqu’à l’automatisation avec les macros
- Comprendre les mécanismes de base du Deep Learning et utiliser des outils reposant sur l’IA pour segmenter et classer des éléments d’intérêt
Objectifs détaillés de la formation décrits en compétences
- Permettre à l’apprenant de planifier ses expériences en fonctions des microscopes à disposition et de leur performance (Module 1)
- Permettre à l’apprenant de travailler les images acquises, de réaliser une analyse quantitative et qualitative (Module 1)
- Analyser une image de microscopie et quantifier par les approches classique certains marquages (Module 2)
- Automatiser l’analyse d’un grand nombre d’images (Module 2)
- Analyser et quantifier de très grandes images issues d’un scanner de lame via QuPath (Module 3)
- Utiliser des outils de Deep Learning pour certaines quantification complexes (Module 3)
Cette formation s'adresse à tous ceux qui ont besoin de se former aux nouvelles techniques de microscopie et d’IA appliquées à l’analyse d’image.
Prérequis : pas de prérequis ; les trois modules sont indépendants.
Inscription : du 27 janvier 2025 au 31 mars 2025
Pour une inscription directe aux niveaux 2 et 3, un test de positionnement rapide est proposé afin d’évaluer l’aptitude du candidat à suivre la formation ou le rediriger vers le niveau approprié.
Lieu de formation
En présentiel (module 1), présentiel et distanciel (module 2) et distanciel uniquement (module 3). MSH Raspail - 54, boulevard Raspail, 75006 Paris.
Tarification
Plein tarif (prise en charge par l'employeur) :
Module 1 : 500 € TTC / Module 2 : 750 € TTC / Module 3 : 500 € TTC
Certificat (les trois modules ensemble) : 1500 € TTC
Autofinancement (prise en charge personnelle) :
Module 1 : 250 € TTC / Module 2 : 400 € TTC / Module 3 : 250 € TTC
Certificat (les trois modules ensemble) : 800 € TTC
Validation du certificat déroulé
Trois modules de 2/3/2 jours (16h/24h/16h ou 56 heures pour les trois modules).
Un accompagnement personnalisé tout au long de la formation.
Le certificat s’obtient en validant l’examen du niveau 3.
Inscription administrative, conditions et modalités de financement
Module 1
14-15 avril 2025 (uniquement sur site Université Montpellier, Campus Triolet, place Eugène Bataillon, 34095 Montpellier)
Cette formation permettra de faire les choix adéquats face à l'analyse microscopique de différents types d’échantillons et l'obtention des images optimales. Les nouvelles technologies de microscopie à haute résolution sont abordées. Les sessions pratiques permettent l’acquisition d’images en associant la manipulation de microscopes à l'analyse d'images et leur exploitation qualitative et quantitative.
Module 2
16-18 avril 2025 (sur site ou en mode distanciel)
L'utilisation du logiciel gratuit de traitement d'image ImageJ et la création de macro sera largement utilisée pour acquérir la maitrise des outils indispensables au traitement des images.
Module 3
22-23 avril 2025 (uniquement en mode distanciel)
Les notions d’intelligence artificielle sont abordées également pour l'analyse et la quantification de données d'imagerie et plus particulièrement pour les images issues de scanner de lame analysable par le logiciel gratuit QuPath.
Responsable pédagogique : Mireille ROSSEL, Maître de conférences EPHE-PSL
Intervenants : Mireille ROSSEL, Maître de conférences EPHE-PSL, Daniel STOCKHOLM, Maître de conférences EPHE-PSL et Vicky DIACKOU, Ingénieure de recherche à l'Université de Montpellier.
Inscription administrative, conditions et modalités de financement : Direction de la Formation continue