Pierre Lory a étudié les sciences politiques à l’IEP de Paris, et la langue et la littérature arabes à l’INALCO puis à l’Université Paris III jusqu’à l’agrégation (1977). Il se spécialisa en islamologie avec une maîtrise sur l’exégèse mystique du Coran (1976) puis une thèse de 3^e cycle sur l’œuvre de Jâbir ibn Hayyân (1981), suivie d’un doctorat d’état (1991).

Nommé maître de conférences en langues et civilisations arabes à l’Université Bordeaux III (1981), puis directeur d’études à l’EPHE (1991), il a poursuivi des recherches sur la mystique et les courants de pensée ésotéristes en Islam classique, mais sans jamais renoncer à des travaux d’ordre plus général.

Il fut membre du Bureau de la section des Sciences religieuses (1993-1996, sous la présidence de Claude Langlois) ; président de la Société des Amis des Sciences religieuses de la 5^e Section (1997-2007). Il fut directeur scientifique du département des études arabes, médiévales et modernes à l’Institut Français du Proche-Orient (Damas) de 2007 à 2011.

Directeur d’études émérite depuis septembre 2021, il est membre du Laboratoire d'Etudes des Monothéismes (U.M.R. 8584 CNRS / EPHE) ; Secrétaire de l’Association des Amis de Henry et Stella Corbin ; membre du comité de rédaction de la revue Arabica.