Claude Miaud a obtenu un DEUG Sciences de la Vie (Poitiers, 1983), une licence d'océanologie (Brest, 1983), une maîtrise de biologie des organismes et des populations (Lyon, 1984), et un DEA analyse et modélisation des systèmes biologiques (Lyon, 1986). Il a soutenu un diplôme de doctorat en Ecologie (Lyon, 1990).

Après un parcours dans le privé (ETEN, Annecy-le Vieux) et LPO (Rochefort), il a été recruté (1993) comme Maître de Conférences à l'Université de Savoie. Il a été Chercheur Invité (délégation) au CNRS (2000-2001), Maître de Conférences à l'Université de Savoie (2001-2006), Chercheur Invité à l'Université de Victoria (Canada, 2006-2008), Professeur à l'Université de Savoie (2008-2011) et Directeur d’Etudes à l’EPHE (Montpellier) depuis 2011.

Ses activités de recherches relèvent de l’écologie évolutive (adaptations locales chez les amphibiens le long de gradients environnementaux ou de niveau de pollution), des invasions biologiques, de développements méthodologiques (e.g. l'ADN environnemental). Il est responsable d'un réseau d'épidémio-surveillance des maladies des amphibiens qui a permis de détecter plusieurs maladies nouvelles en France.

Depuis 2017, il travaille sur la biologie des tortues marines de Méditerranée. Ses activités d’enseignement sont la zoologie, l’écologie évolutive, la biologie des populations et l’écologie comportementale.

Claude Miaud est président de la Société Herpétologique de France (2021).