En 2009, Antoine Collin a obtenu son Doctorat en Géosciences à l'Institut National de la Recherche Scientifique Eau-Terre-Environnement de l'Université du Québec (Québec, laboratoire Bernard Long).

De 2010 à 2012, il a effectué un premier stage post-doctoral (Bourse Marie Curie) au CRIOBE sous la tutelle de l'EPHE et du CNRS-Institut National d'Écologie et Environnement à Moorea (Moorea, Polynésie française).

De 2012 à 2014, il a effectué un second stage post-doctoral (Bourse JSPS) à Tokyo Institute of Technology (Tokyo, laboratoire Kazuo Nadaoka).

En 2019, il a obtenu son Habilitation à Diriger des Recherches à l'École Pratique des Hautes Études (Paris).

Depuis 2014, il est Maître de Conférences en GéoÉcologie Littorale à la station de l'École Pratique des Hautes Études à Dinard.