Avis de soutenance HDR - Camille CLERISSI

Camille CLERISSI présentera ses travaux en vue de l'obtention de son habilitation à diriger des recherches (HDR).

Titre des travaux : Du microbiote aux holobiontes : développement méthodologique pour l’étude du microbiote, influence de l’environnement et bases moléculaires des interactions

Lieu de soutenance : Université de Perpignan Via Domitia, Salle Combes, Bât. R - 58, avenue Paul Alduy, 66860 Perpignan

Date et heure : 11 juin 2026 à 9h

Membres du jury : Thierry BOUVIER, Céline COSSEAU, Pierre GALAND, Fabrice ROUX, Maggy NUGUES (garante)

Les macro-organismes obtiennent de nombreux bénéfices de leurs partenaires microbiens (collectivement regroupés sous le terme de microbiote). Ces bénéfices ont conduit à avoir une vision écosystémique de l’individu ; les hôtes et leur microbiote formeraient des méta-organismes nommés « holobiontes ». Mes activités de recherche se structurent en trois objectifs pour leur étude via des approches de séquençage à haut-débit (metabarcoding, génomique), et une approche interdisciplinaire à l’interface entre biologie et chimie (métabolomique). Le premier objectif de mes activités de recherche est de développer des méthodes pour l’étude de la diversité microbienne au sein des holobiontes. En particulier, les micro-eucaryotes ont été très peu étudiés jusqu’à présent à cause de la forte représentation des acides nucléiques de leurs hôtes. Le second objectif est d’étudier l’influence de l’environnement sur les holobiontes. Ces analyses permettent d’évaluer les effets des changements environnementaux, de prédire les effets des changements globaux, et d’identifier des biomarqueurs prédictifs de la réponse des holobiontes. Enfin, le troisième objectif vise à révéler les bases moléculaires des interactions au sein des holobiontes. A l’avenir, mes activités de recherche se concentreront sur les holobiontes éponges, un modèle d’étude idéal pour appliquer une approche interdisciplinaire de biologie et de chimie, puisque les éponges sont riches en micro-organismes et en métabolites secondaires. Ces études permettront de mieux appréhender le rôle du microbiote dans l’acclimatation des éponges face aux changements environnementaux, et de révéler les bases moléculaires des interactions présentes au sein de ces holobiontes.