Rohia ALILI

Diplôme :
Doctorat
Mention :
Section des sciences de la vie et de la terre
Date :
mercredi 02 février 2022 - 14:00
Microbiote intestinal et obésité : Intérêt du séquençage par nanopore dans la détection des signatures métagénomiques dans l’obésité et lors d’interventions nutritionnelles

Madame Rohia ALILI soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Microbiote intestinal et obésité : Intérêt du séquençage par nanopore dans la détection des signatures métagénomiques dans l’obésité et lors d’interventions nutritionnelles

dirigés par Monsieur THIERRY WIRTH et Madame Karine CLEMENT

Soutenance prévue le mercredi 02 février 2022 à 14h00

Lieu :   Salle : Bordeaux -  Faculté de Médecine 105 Bd de l'Hôpital 75013-Paris

Composition du jury proposé : 
M. THIERRY WIRTH - EPHE PARIS - Directeur de thèse
Mme Marie- José BUTEL - UMR-S 1139, 3PHM - Rapporteure
Mme Sophie LAYE - NutriNeuro UMR 1286 INRAE - Université de Bordeaux, Bordeaux INP. - Rapporteure
M. Hervé BLOTTIERE - UMR 1280 PhAN -INRAE/Université de Nantes - Examinateur
M. David VALLENET - UMR8030 Génomique Métabolique, LABGeM - Examinateur
Mme Karine CLEMENT - UMRS1269/NutriOmique - Co-directrice de thèse 
Mme Sophie THENET - Centre de Recherche Saint-Antoine, UMRS 938 - Examinatrice

Résumé :
Il est maintenant admis que le microbiote intestinal (MI) joue un rôle dans la physiopathologie de l’obésité. Plusieurs études menées récemment ont permis de stratifier les sujets obèses et en surpoids, en fonction de la richesse génétique et de la diversité de leur MI. Une association a été démontrée entre de la composition du MI et le phénotype clinique et biologique des sujets en situation d’obésité ainsi qu’avec les réponses aux interventions visant une perte de poids. Récemment, notre équipe avec le consortium européen MétaCardis a mis en évidence un profil particulier du microbiote, l’entérotype Bacteroides2 (bact2), enrichis chez des sujets sévèrement obèses et associé à une détérioration métabolique et inflammatoire. Il est donc intéressant de développer des méthodes de séquençage rapide du MI des sujets afin de pouvoir les stratifier et de tester l’hypothèse que l’état basal du MI pourrait être prédicteur de la réponse aux interventions diététiques ou chirurgicales. En lien avec ces objectifs, nous avons développé au sein du laboratoire et du service clinique un processus allant du recueil des selles de patients en situation de surpoids ou d’obésité jusqu’à la génération de données métagénomiques de séquençage avec l’outil MinION d’Oxford Nanopore Technologies (ONT). Nous avons par la suite, examiné le microbiote de deux cohortes, une bariatrique et l’autre d’une intervention de restriction calorique en vie réelle avec supplémentation en probiotiques, avec un focus sur l’entérotype Bact2 qui a été précédemment associé à une santé métabolique plus détériorée. Nous avons pu vérifier les résultats satisfaisants obtenus par séquençage Nanopore et également détecter certaines limites de cette technologie. Nos travaux dans une cohorte de 263 sujets en surpoids et obèses nous ont permis de démontrer la capacité de notre approche technologique à stratifier les sujets en fonction de la composition de leur MI. Par exemple, Bact2 était prédominant chez les sujets avec une obésité et des altérations métaboliques plus sévères. Après une perte de 10% du poids initial dans l’étude d‘intervention diététique (163 sujets appariés) et, en parallèle des améliorations métaboliques constatées, une diminution de la prévalence de Bact2 a été observée ainsi qu’une diminution de certaines bactéries pro-inflammatoires. Cette approche a été répétée chez des patients sévèrement obèses candidats à la chirurgie bariatrique (CB). En conclusion, nous avons mis en place une méthode d’évaluation rapide de la dysbiose dans l’obésité qui nous permet de détecter Bact2 qui pourrait être un prédicteur potentiel des réponses anthropométrique et métabolique aux interventions de perte de poids. En effet, la prédiction des réponses aux interventions diététiques et de CB pourrait être un outil important dans la pratique clinique, en améliorant la sélection des patients pour lesquels une prise en charge différente ou plus ciblée pourrait être envisagée.